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未來展望

國際合作:

(1)本系與香港中文大學歷史系、廈門大學歷史系、北京大學歷史系、人民大學歷史學院、北京清華大學歷史系、南開大學歷史學院及福建社會科學研究院完成交流合作的簽約,目前積極進行與歐洲和美國學界有更多的互動往來。
(2)本系教授與日本大阪經濟大學日本經濟研究所進行學術交流,除了不定期邀請該國學者來系演講、座談之外,也推動實質合作,共同執行研究計劃。目前正積極進行邀請國外重要學者來系客座講學。
(3)推動系上教授出國訪問、講學及參加學術會議。

國內學界與地方合作:

(1)積極與國內各大學或學術機構合作,推動國內學術研究的分工。
(2)邀請國內重要學者來系開設講座、兼課或舉辦系列活動。
(3)地處府城,希望進一步與臺南地方政府、國立臺灣文學館、各宗教團體和文史工作者合作,編寫地方志或進行各種田野調查、口述歷史等計劃,使本系成為南臺灣研究的主要基地。

本系整合型研究:

(1)臺灣史為本系的研究主要重心,有研究臺灣文學史、臺灣美術史、臺灣文物碑銘、臺灣陶器與早期對外關係史,希望整合為廣義的臺灣文化研究群。
(2)宗教史領域中本系有隋唐佛教史、明清佛教史、道教史、羅馬基督教會史、基督教在臺灣的歷史,希望整合為宗教史研究群。
(3)明清史教授包括:明代政治史、明清海外貿易史研究、明清社會經濟史研究、明清文化生活史研究等,希望整合為明清史研究群。
(4)世界史領域包括希臘羅馬史、史學史、美國史、德國史、英國史、科學史等等,未來希望整合為西洋文化研究群。